개업 당시는 보령역(保寧驛)이었다고 하며, 그도 그럴 것이 주포면이 옛 보령군의 중심지로, 면소재지 마을 이름도 보령리에다가 보령향교도 있었다. 하지만 1933년 1월 1일부로 현재의 역명으로 변경되었다.
1997년 11월 20일에 현재의 역사가 준공되었으나, 이용객 감소로 인해 2007년 6월 1일부로 여객영업을 중단했다. 2015년 12월 27일 장항선 전철의 홍성 - 대천 구간 연장과 함께
신성역과 함께 여객영업을 재개하였다. 현재 실질적인 보령시의 중심역은
대천역이다.
